Güvenli moda geçince dosyalar silinmez, ancak silinemeyen dosyalar güvenli modda silinebilir. Güvenli modda, sorunlu uygulamalar veya özellikler başlamaz, bu nedenle bir dosyayı veya klasörü silmek daha kolay olabilir. Ancak, silinemeyen dosyaların silinmesi için CMD'deki "del" komutu veya özel yazılımlar gibi farklı yöntemler denemek gerekebilir. Önemli dosyaların silinmesi durumunda, profesyonel veri kurtarma yazılımları ile dosyaların geri yüklenmesi mümkün olabilir. Sistem düzeyindeki dosyaların silinmesi, bilgisayarın düzgün çalışmasını engelleyebilir.