FileZilla, kendi başına güvensiz bir yazılım değildir. Ancak, bazı güvenlik açıkları bulunmaktadır: Şifrelerin düz metin olarak saklanması: FileZilla, şifreleri şifrelemeden saklar, bu da kötü niyetli kişilerin erişimine açık hale getirebilir. Malware riski: FileZilla'nın kurulum dosyalarına malware entegre edildiği ve bu durumun geliştiriciler tarafından bilindiği iddiaları bulunmaktadır. Buna rağmen, FileZilla FTP ve SFTP gibi güvenli dosya transfer protokollerini destekler ve açık kaynak kodlu olması, sürekli olarak güncellenmesini ve geliştirilmesini sağlar.