Ekolojik evlerin dezavantajları şunlardır: 1. Yüksek Başlangıç Maliyetleri: Otonom enerji sağlama ve sürdürülebilir malzemelerin satın alınması önemli yatırımlar gerektirir. 2. Bilgi ve Deneyim Gereksinimi: Bu tür evlerin inşası, özel bilgi birikimi ve deneyimli mimarlar ve mühendisler talep eder. 3. Regülatör Engelleri: Bazı bölgelerde sürdürülebilir inşaatı destekleyen yasama girişimlerinin olmaması. 4. Malzeme Maliyetleri: Doğal malzeme olarak ahşap kullanılması halinde, evin maliyeti diğer ekolojik konut çeşitlerine kıyasla daha yüksek olabilir. 5. Çürüme ve Yangın Riski: Ahşap kullanımı, çürüme ve yangın riskini normal beton evlere kıyasla daha riskli bir seviyeye çıkarır. 6. Prefabrik ve Konteyner Evler: Malzemesine göre farklılık göstermekle birlikte, prefabrik ve konteyner evlerin rüzgar ve yağmurdan etkilenebilmesi ve ömrünün daha kısa olması.