Biyodizelin dezavantajları şunlardır: 1. Yüksek maliyet: Biyodizel üretimi ve kullanımı, petrol ürünlerine göre daha pahalıdır. 2. Soğuk hava hassasiyeti: Biyodizel, düşük sıcaklıklarda jelleşir ve bu da soğuk iklimlerde kullanımını kısıtlar. 3. Yakıt filtresi sorunu: Biyodizelin çözücülük gücü daha yüksektir, bu nedenle yakıt filtrelerinin sık sık kontrol edilmesi gerekir. 4. Motor hasarı: Eski dizel motorlarda kauçuk ve plastik yakıt borularına ve contalarına zarar verebilir. 5. Oksitlenme: Biyodizel, havayla temas ettiğinde hızla oksitlenmeye başlar. 6. Gıda güvenliği: Biyodizel üretimi için kullanılan bitkiler, su kaynaklarını tüketebilir ve gıda fiyatlarını artırabilir.