Bilal Ekşi, Türk Hava Yolları'ndan (THY) 21 Ekim 2016 tarihinde, Temel Kotil'in görevinden ayrılması sonucunda, THY Genel Müdürlüğü'ne atanmak üzere ayrıldı .
Ekşi, Nisan 2011'de THY'den ayrılarak Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü'ne getirilmişti . 2016 yılının Ekim ayında ise THY Yönetim Kurulu'nun kararıyla THY Genel Müdürlüğü'ne atandı .