Deniz suyunun arıtılması yüksek maliyet, çevresel etkiler ve teknik zorluklar nedeniyle zordur. Başlıca zorluklar şunlardır: 1. Enerji Tüketimi: Deniz suyunu arıtmak için büyük miktarda enerji gereklidir, bu da maliyetleri artırır. 2. Membran Bakımı: Ters ozmoz gibi arıtım yöntemlerinde kullanılan membranların sık sık bakım ve değişim ihtiyacı vardır. 3. Atık Yönetimi: Arıtma süreci, deniz ekosistemlerine zarar verebilecek yüksek yoğunluklu tuzlu su (brine) üretir. 4. Yatırım Maliyeti: Altyapı geliştirme ve ileri düzey filtreleme sistemleri için gereken büyük başlangıç yatırımları birçok bölge için engel teşkil eder.