Apple Pencil'ın sürekli olarak iPad üzerinde kalması, cihazın şarj portu veya bağlantı noktalarında kirlenmeye ve dolayısıyla şarj sorunlarının yaşanmasına neden olabilir. Ayrıca, Apple Pencil'ın iPad ile manyetik temas noktaları arasındaki aşındırıcı toz veya kalıntılar, iPad'in anodize kaplamasının aşınmasına yol açabilir. Bu tür sorunlarla karşılaşıldığında, Apple Pencil'ın ve iPad'in düzenli olarak temizlenmesi ve Bluetooth bağlantısının kontrol edilmesi önerilir. Eğer sorunlar devam ederse, Apple Destek ile iletişime geçilmesi tavsiye edilir.