Agent Smith, Neo'nun düşmanıdır çünkü Neo'nun var oluşu, Smith'in sistemdeki anomaliyi normalize etme amacını tehdit etmektedir. Smith, Matrix'in makinelerinin kurduğu sanal gerçeklik içinde bir program olarak var olmaya başlamış, ancak daha sonra bu sistemden kurtulmaya çalışmıştır. Bu nedenle, Smith ve Neo'nun hedefleri çatışmaktadır.