Miha Zajc, kariyeri boyunca aşağıdaki takımlarda oynamıştır: 1. NK Celje (2013-2014). 2. NK Olimpija Ljubljana (2014-2017). 3. Empoli FC (2017-2019). 4. Fenerbahçe Spor Kulübü (2019-2024). 5. Genoa CFC (2020-2021, kiralık). 6. Toulouse FC (2024-, kiralık).