2009 yılında Tokatspor'un küme düşmesinin nedeni, 2008-2009 sezonunda TFF 2. Lig Yükselme Grubu'nda play-off yarı final maçında Eyüpspor'a seri penaltı vuruşlarıyla elenerek 1. Lig'e çıkamamasıdır. Tokatspor, 2009-2010 sezonunda da TFF 2. Lig'de mücadele etmiş, ancak yine play-off yarı finalinde elenerek bir üst lige yükselememiştir. 2010 yılından sonra maddi sıkıntılar yaşayan Tokatspor, 2020-2021 sezonunda 3. Lig'i son sırada tamamlayarak 37 yıl sonra amatör lige düşmüştür.