Serdar Topraktepe, futbolculuk kariyerinin ardından teknik direktör olarak çeşitli takımları çalıştırmıştır: Beşiktaş (2023-2024 ve 2024-2025 sezonları arası yardımcı antrenör); Beşiktaş U19 (2018-2019, 2022 ve 2023-2024 sezonları); Adanaspor (2021 sezonu yardımcı antrenör); Körfez (2011-2013 sezonları).