Samsunspor'un armasında Türk bayrağı (ay yıldız) bulunmasının nedeni, kulübün renklerinin ve armasının 1965 yılında profesyonel liglere katılımla birlikte millî bayrakta kullanılan renkler olan kırmızı ve beyaz olarak belirlenmesidir. Ayrıca, armadaki Atatürklü Onur Anıtı silüeti, 19 Mayıs 1919'da Samsun'da atılan ulusal bağımsızlık mücadelesine ve Türk bayrağına gönderme yapmaktadır. Samsunspor, armasında Atatürk resmi taşıyan birkaç spor kulübünden biridir; diğer örnekler arasında Atakum Belediyespor, Bafraspor ve Samsun Türkiş İstiklal Spor Kulübü bulunmaktadır.