Álvaro Morata'nın kariyeri boyunca birçok sakatlığı olmuştur. Bazı önemli sakatlanmaları şunlardır: 2024 yılı: Kasık, uyluk gerilmesi, kas yorgunluğu ve kafa tası sakatlığı gibi çeşitli sakatlanmalar yaşamıştır. 2025 yılı: Galatasaray'da forma giydiği dönemde adductor şikayeti ve diz iç bağlarında gerilme gibi sakatlanmalar geçirmiştir. Ayrıca, 2024 Avrupa Futbol Şampiyonası yarı finalinde de bir güvenlik görevlisinin ayağına çarpması sonucu dizinden sakatlanmıştır.