Ivan Bebek, 2016 yılında Fenerbahçe'nin Braga ile oynadığı UEFA Avrupa Ligi maçında gösterdiği kartlarla yoğun eleştiri alması nedeniyle görevden alındı 124.

Bu maçta Bebek, Fenerbahçe takımına üç kırmızı ve sekiz sarı kart gösterdi 124. Fenerbahçe, bu maçın ardından "bahis manipülasyonu" iddiasında bulunarak Ivan Bebek'in telefon trafiği ve mal varlıklarının araştırılması için UEFA'ya talepte bulundu 24.

12 Haziran 2016'da şikayeti değerlendiren UEFA Hakem Komitesi, elit hakem grubunda yer alan Ivan Bebek'in sınıfını birinci kategoriye düşürdü 24.

Ayrıca, 2019 yılında Hırvatistan Ligi'nde görev yaptığı bir maçtaki hatalı yönetimi sonrası bir gece kulübü önünde saldırıya uğradı 12.

Ivan Bebek, 2023 yılında yaş haddinden dolayı hakemliği bırakarak ülkesinde VAR hakemi olarak göreve devam edeceğini açıkladı 3.