Fenerbahçe, Slavia Prag'ı sadece bir kez yendi. İki takım arasındaki son maç, 28 Kasım 2024 tarihinde oynanan UEFA Avrupa Ligi 5. hafta maçında Fenerbahçe'nin Slavia Prag'ı 2-1 mağlup etmesiyle gerçekleşti. Slavia Prag ise Fenerbahçe'yi iki kez yendi. Bu maçlar, 24 Şubat 2022 ve 17 Şubat 2022 tarihlerinde oynanan karşılaşmalardı.