Fenerbahçe, Avrupa kupalarında Anderlecht ile 7 kez karşılaşmıştır. Bu karşılaşmaların sonuçları şu şekildedir: 1 beraberlik; 3 galibiyet (iki kez 2-0, bir kez 2-2); 3 mağlubiyet. Son karşılaşma, 2025 yılında UEFA Avrupa Ligi son 16 play-off turunda gerçekleşmiştir.