Emre Belözoğlu'nun en iyi takımı olarak değerlendirebileceği birkaç takım bulunmaktadır: Galatasaray: Emre Belözoğlu, Galatasaray altyapısında yetişmiş ve bu takımda 4 yıl üst üste şampiyonluk ve UEFA Kupası kazanma başarısı yaşamıştır. Inter: İtalya'nın Inter takımında oynadığı dönemde başarılı bir performans sergilemiş ve Pirata d'Oro (Altın Korsan) ödülünü kazanmıştır. Fenerbahçe: Belözoğlu, Fenerbahçe'de kaptanlık yapmış ve bu takımda da önemli başarılar elde etmiştir. Emre Belözoğlu, ayrıca 2022 yılında yaptığı bir açıklamada, Süper Lig'de "ligin en iyi takımının Trabzonspor olduğunu" belirtmiştir. Hangi takımın "en iyi" olarak değerlendirileceği, kişisel görüşlere bağlıdır.