Dejan Stankovic, sakatlık sorunları nedeniyle futbolu bıraktı. 2012 yılında, uzun bir sakatlık döneminin ardından sahalara geri döndükten sonra, Stankovic bir kez daha aşil tendonundan sakatlandı ve bu durum, futbol kariyerine son verme kararını almasına yol açtı. Ayrıca, Stankovic'in sezon sonunda futbolu bırakabileceğini ifade ettiği haberler de bulunmaktadır. Stankovic, futbol kariyerini 2013 yılında, Japonya ile oynanan özel bir maçta 10 dakika forma giyerek resmen noktaladı.