Çağdaş Atan, Beşiktaş'tan 2006 yılında, Malatyaspor ile oynanan maç sonrası yaptığı açıklamalar ve taraftarlarla yaşadığı olaylar nedeniyle ayrılmıştır 12.

Beşiktaş yönetimi, Atan'a 100 bin TL para cezası vermiş ve süresiz olarak kadro dışı bırakmıştır 2.

Atan, ayrılışını şu şekilde açıklamıştır: "Bazı şeyler benim gitmem ile bitecekse, ben zaten Beşiktaş formasını giymek istemiyorum. Beşiktaş benim için bitmiştir. Beşiktaş bu taraftar mentalitesiyle gittikçe, 10 sene daha şampiyon olamaz" 13.

Daha sonra bu sözleri için özür dilemiştir 3.