Bebeto, 2002 yılında kalp problemleri nedeniyle futbolu bıraktı. Daha önce kalp ritminin bozuk olduğu tespit edildiği halde futbola devam etmesinde sakınca görülmeyen Bebeto'ya, kendi takımı Paysandu tarafından sezon sonuna kadar ücretinin ödeneceği ve sonrasında tedavi görmesine yardım edileceği belirtilerek futbolu bırakması önerildi.