AJ Auxerre, Fransa Ligue 1'de yalnızca bir kez şampiyon olmuştur. Bu şampiyonluk, 1996 yılında gerçekleşmiştir. AJ Auxerre'nin diğer başarıları arasında Fransa Kupası'nı 4 kez kazanma (1994, 1996, 2003, 2005) ve Fransa Ligue 2'de 2 kez şampiyonluk (1980, 2024) bulunmaktadır.