Japonya'da hangi trenin daha iyi olduğu, kişisel tercihlere ve seyahat planına bağlıdır. Ancak, Japonya'da öne çıkan bazı tren türleri şunlardır: Shinkansen (Mermi Tren). JR (Japan Railways) Trenleri. Non-Reserved Vagonlar. Ayrıca, Japonya'da seyahat eden turistler için 7, 14 ve 21 gün geçerli olan JR Rail Pass adlı bir kombine bilet de bulunmaktadır. Japonya'da tren bileti almak için, Japonya'ya gitmeden önce başvuru yapılması ve biletin posta yoluyla teslim alınması gerekmektedir.