Japonya'da en çok gezilen şehirler arasında Tokyo, Kyoto ve Osaka öne çıkmaktadır. Tokyo, modern ve geleneksel Japon kültürünü bir arada sunan, devasa alışveriş merkezleri ve geleneksel tapınaklarıyla dikkat çeken bir şehirdir. Kyoto, tarihi zenginlikleri ve geleneksel yapılarıyla bilinir; Fushimi Inari Tapınağı, Kinkaku-ji ve Gion bölgesi gibi yerlerle ünlüdür. Osaka, mutfağı, eğlence hayatı ve Osaka Kalesi ile hem modern hem de kültürel bir şehir olarak ziyaretçilerini cezbeder. Bunun yanı sıra, Sapporo kış festivalleri ve doğal güzellikleriyle, Nara ise geyikleriyle ünlüdür.