Tokat'ta iki önemli mağara bulunmaktadır: 1. Ballıca Mağarası: Pazar ilçesinde yer alan bu mağara, 4 milyon yıl önce oluşmuştur ve 680 metre uzunluğundadır. 2. İndere Mağarası (Kaz Gölü Mağarası): Kaz Gölü yakınlarında, Turhal ve Pazar ilçe sınırlarında yer alır.