Pendik'ten hızlı tren ile gidilebilecek bazı güzergahlar: Ankara-İstanbul YHT: Pendik'ten hareket eden tren, Bostancı, Söğütlüçeşme, Bakırköy ve Halkalı duraklarına uğrayarak Ankara'ya ulaşır. İstanbul-Eskişehir YHT: Pendik'ten başlayan tren yolculuğu, Gebze, İzmit, Arifiye, Bilecik ve Bozüyük duraklarından sonra Eskişehir'de sona erer. İstanbul-Konya YHT: Pendik'ten hareket eden tren, Gebze, İzmit, Arifiye, Bilecik, Bozüyük, Eskişehir, Selçuklu ve Konya duraklarına uğrar. İstanbul-Karaman YHT: Pendik'ten başlayan tren yolculuğu, Gebze, İzmit, Arifiye, Bilecik, Bozüyük, Eskişehir, Selçuklu, Konya, Çumra ve Karaman duraklarında sona erer.