Pegasus Airlines, 156 farklı havalimanına uçuş gerçekleştirmektedir. Bazı Pegasus Airlines uçuşlarının indiği havalimanları: İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı (SAW); Antalya Havalimanı (AYT); İzmir Adnan Menderes Havalimanı (ADB); Lefkoşa Ercan Havalimanı (ECN); Ankara Esenboğa Havalimanı (ESB). Pegasus Airlines'ın uçuş yaptığı havalimanları hakkında en güncel bilgileri almak için flypgs.com adresindeki resmi web sitesini ziyaret etmek önerilir.