Marmaray, İstanbul Boğazı geçişi olan Kazlıçeşme – Ayrılık Çeşmesi arası 1,4 kilometre uzunluğundaki bölümde yer altından gitmektedir. Ayrıca, Marmaray'ın Avrupa Yakası'ndaki Sirkeci durağı ile Anadolu Yakası'na geçiş yaptığı ve burada da yer altı bölümü bulunduğu belirtilmektedir. Marmaray'ın yer altından geçtiği diğer duraklar hakkında bilgi bulunamadı. 2025 yılı itibarıyla Marmaray'ın tüm duraklarına şu sitelerden ulaşılabilir: marmaray.istanbul; tr.wikipedia.org; hangidurak.com.