Marmaray ile Avrupa Yakası'ndan Anadolu Yakası'na gitmek için aşağıdaki adımlar izlenebilir: 1. Avrupa yakasında, Marmaray hattı duraklarına yakın bir yerden Halkalı, Mustafa Kemal, Küçük Çekmece, Florya, Yeşilköy, Yeşilyurt, Ataköy, Bakırköy, Yenimahalle, Zeytinburnu, Kazlıçeşme, Yenikapı veya Sirkeci istasyonlarından birine gidilir. 2. Anadolu yakasındaki Ayrılık Çeşmesi durağında inilir. Marmaray, Halkalı ilçesinden başlayarak sırasıyla, Mustafa Kemal, Küçükçekmece, Menekşe, Florya, Yeşilköy, Yeşilyurt, Ataköy, Bakırköy, Yenimahalle, Zeytinburnu, Kazlıçeşme, Yenikapı ve Sirkeci’den geçer. Marmaray ile Avrupa Yakası'ndan Anadolu Yakası'na giderken kullanılabilecek bazı aktarma hatları şunlardır: Ataköy Marmaray durağından M9 İkitelli-Ataköy metro hattı; Ayrılık Çeşmesi Marmaray durağından M4 Kadıköy-Tuzla metro hattı; Sirkeci Marmaray durağından T1 Kabataş-Bağcılar tramvay hattı ve İDO. Marmaray'da, İstanbul genelinde kullanılmakta olan aylık abonman (Mavi Kart) geçerlidir.