Marmaray'da çekim yapılan duraklar, Gebze'den Halkalı'ya kadar olan tüm durakları kapsamaktadır . Bu duraklar şunlardır:
- Halkalı ;
- Mustafa Kemal ;
- Küçükçekmece ;
- Florya ;
- Yeşilköy ;
- Ataköy ;
- Bakırköy ;
- Yenimahalle ;
- Zeytinburnu ;
- Kazlıçeşme .
Ayrıca, Marmaray'ın diğer önemli durakları arasında Sirkeci, Yenikapı, Üsküdar, Ayrılık Çeşmesi, Söğütlüçeşme gibi istasyonlar da bulunmaktadır .