Malezya ve Endonezya arasında bazı temel farklar şunlardır: 1. Coğrafya: Malezya, anakara ve Borneo Adası'ndaki topraklarıyla bir yarımada ülkesidir, Endonezya ise 13.466 adadan oluşan bir takımadadır. 2. Yönetim Şekli: Malezya, federal anayasal monarşi ile yönetilirken, Endonezya başkanlık sistemi ile yönetilen üniter bir devlettir. 3. Ekonomi: Endonezya, Güneydoğu Asya'nın en büyük ekonomisine sahip olup, ekonomisi tarım, madencilik ve hizmet sektörlerine dayanır. 4. Dil ve Alfabe: Malezya'nın resmi dili Malayca olup, Arap alfabesinin değiştirilmiş bir şeklini kullanır, Endonezya'da ise Endonezce (Bahasa Indonesia) ve Cava alfabesi kullanılır. 5. Etnik Yapı: Malezya, Malay, Çinli ve Hintli etnik gruplardan oluşurken, Endonezya'da 300'den fazla etnik grup ve 700'den fazla yerel dil bulunmaktadır.