Malatya'da 2 adet havalimanı bulunmaktadır: 1. Malatya Erhaç Havalimanı: Şehrin ana havalimanı olup, yurt içi ve yurt dışı uçuşlara hizmet vermektedir. 2. Malatya Akçadağ Havalimanı: Daha küçük ölçekli olup, genellikle askeri amaçlarla kullanılmaktadır.