Kaynarca, tarih boyunca farklı dönemlerde çeşitli idari yapılara bağlı kalmıştır: Osmanlı Dönemi: Kaynarca, 14. yüzyılda Türklerin eline geçtikten sonra "Yene" veya "Yani" olarak anılmış, 1920 yılına kadar bu isimle anılmaya devam etmiştir. Cumhuriyet Dönemi: 1 Nisan 1959 tarihine kadar Kandıra ilçesine bağlı bir bucak olarak kalmıştır. Dolayısıyla, Kaynarca'nın eskiden bağlı olduğu yerler sırasıyla: 1. Kandıra (1959'a kadar) 2. Sakarya (1959'dan itibaren) 3. Kocaeli (1868-1959 arası) olarak belirtilebilir.