Kayaköy'de kışlar soğuk geçebilir . Bazı kaynaklar, alçak yapılı evlerin yazın aşırı sıcak, kışın ise aşırı soğuk olmasından dolayı terk edildiğini iddia etmektedir .
Kayaköy'ü ziyaret etmek için en uygun zaman ilkbahar ve sonbahardır . Yaz aylarında sıcaklık oldukça yüksek olabilir .