İstanbul Boğazı'nın oluşumu hakkında kesin bir görüş bulunmamaktadır. Ancak, yaygın kabul gören teoriler şunlardır: Fay çöküntüsü: Boğaz, deniz sularıyla dolmuş bir fay çöküntüsü olarak oluşmuştur. Akarsu geçişi: Boğazın bulunduğu yerden çok eski çağlarda büyük bir akarsu geçiyordu. Bu teoriler, bilimsel çalışmalar sonucunda ortaya atılmış olup, yeni araştırmalarla güncellenebilir.