İstanbul metrosunun bağlantılı olduğu bazı hatlar şunlardır: M2 hattı: Yenikapı istasyonundan Marmaray'a ve M2 metrosuna aktarma yapılabilir. M1ʙ hattı: Yenikapı ile Otogar arasında M1ᴀ ile ortak işletilir ve Otogar'da M1ᴀ'dan ayrılarak batı yönünde ilerler. M8 hattı: Bostancı-Parseller güzergâhında, 13 istasyonu ile Anadolu Yakası'nın kuzey-güney aksında hizmet verir ve Marmaray-M4-M5 hatlarına bağlantı sağlar. M11 hattı: Kâğıthane – Kargo Terminali kesimi, İstanbul Havalimanı'na metro bağlantısı sağlar. Ayrıca, M14, M12, T6 gibi yapım aşamasında olan hatlar da tamamlandığında bağlantılı hale gelecektir.