Harem Otogarı'na doğrudan metro hattı bulunmamaktadır. Ancak, metro ile Harem'in oldukça yakınına kadar gidilebilir. Harem Otogarı'na metro ile ulaşım için öneriler: M4 Kadıköy-Kartal-Pendik metrosu ile Acıbadem durağında inilebilir. Marmaray ile Üsküdar durağında inip, sahil yönüne ilerleyen otobüslerle Harem Otogarı'na ulaşılabilir. Ayrıca, M5 Üsküdar-Ümraniye-Sancaktepe metrosu ile Üsküdar'da inip, otobüsle de Harem Otogarı'na gidilebilir.