Gökova Körfezi, yoğun insan faaliyetleri ve kirlilik nedeniyle tehlikeli olarak değerlendirilmektedir. Tehlikenin başlıca nedenleri: - Deniz dibi kirliliği: Körfezde deniz çayırları ve diğer deniz canlıları, artan çöp ve kirlilikten olumsuz etkilenmektedir. - Tekne trafiği: Yoğun tekne trafiği, deniz yüzeyi ve kıyı kesimlerinin kirlenmesine yol açmaktadır. - Plansız yapılaşma: Kıyı kesiminde bulunan yerleşimlerden denize karışan çöpler, kirleticilik etkisini artırmaktadır. - Deprem riski: Bölgede yapılan bir araştırma, deprem aktivitesinin yüksek olduğunu ve olası bir depremin tsunamiye neden olabileceğini ortaya koymuştur.