Ege Denizi'nin en temiz yeri olarak birkaç bölge öne çıkmaktadır: Akvaryum Koyu, Bozcaada: Berrak ve temiz deniziyle ünlüdür. Delikli Koy, Alaçatı: Turkuaz rengi sularıyla dikkat çeker ve doğal yapısı korunmuştur. Bademli Koyu, Dikili: Berrak suları ve çevresindeki doğal güzelliklerle bilinir. Aya Yorgi Koyu, Çeşme: Sığ ve durgun denizi ile aileler için güvenli bir seçenektir. İztuzu Plajı, Marmaris: Temiz suları mavi bayrak ile tescillenmiştir. Ege Denizi'nin genel olarak daha temiz kabul edilmesinin nedeni, düşük tuzluluk oranı, az nüfus ve endüstriyel faaliyetlerin daha az olmasıdır.