Muğla'daki en temiz denizlere sahip bazı yerler şunlardır: 1. Akbük Koyu (Gökova Körfezi): Doğal yapısını koruyan bu koy, berrak sularıyla öne çıkar. 2. Akvaryum Koyu (Datça): Cam gibi berrak suya sahip olan bu koy, yalnızca teknelerle ulaşılabilir olması sayesinde korunmuştur. 3. Palamutbükü (Datça): Kayalık dip yapısı ve sürekli hareket eden sularıyla temizliğini korur. 4. Ölüdeniz (Fethiye): Turkuaz rengi ve durgun deniziyle dikkat çeker, lagün bölgesi özel koruma alanıdır. 5. Kabak Koyu (Fethiye): Araçla ulaşımın sınırlı olduğu bu koy, berrak denizi ve zengin sualtı yaşamıyla bilinir.