Çanakkale Müzesi'nin içinde aşağıdaki sergiler ve eserler bulunmaktadır: 1. Çanakkale Arkeoloji Müzesi: Prehistorik çağlardan günümüze kadar gelen toplumların kültür ve sanat eserleri sergilenir. 2. Çanakkale Deniz Müzesi: Çimenlik Kalesi'nde yer alır ve 18 Mart 1915 Deniz Zaferi'ne dair sergiler sunar. 3. Kilitbahir Kale Müzesi: Kale içindeki sergilerde savunma, yeme içme gelenekleri, ticaret ve ibadet gibi konular işlenir. 4. Çanakkale Muharebeleri Gezen Müzesi: Mobil bir müze olup, Çanakkale Savaşı'nın hikayesini interaktif sergiler, atölyeler ve eğitim programları ile anlatır.