Balıkesir'de iki havalimanı bulunmaktadır: Balıkesir Koca Seyit Havalimanı ve Balıkesir Merkez Havalimanı. Balıkesir Koca Seyit Havalimanı, Edremit ilçesi yakınlarında yer alır ve hem yurtiçi hem de yurtdışı uçuşlara açıktır. Balıkesir Merkez Havalimanı ise şehir merkezine oldukça yakın bir mesafede, yaklaşık 5 kilometre uzaklıkta bulunur ve genellikle özel uçuşlar için kullanılır. Hangi havalimanının daha iyi olduğu, seyahat planınıza ve tercihlerinize bağlı olarak değişebilir.