Deniz otobüsleri, çeşitli iskelelerden kalkmaktadır. İstanbul'da bazı ana deniz otobüsü iskeleleri şunlardır: Yenikapı İskelesi: Anadolu Yakası'na ve Adalar'a seferler düzenlenmektedir. Kabataş İskelesi: Adalar’a ve Anadolu Yakası’na seferler bulunmaktadır. Kadıköy İskelesi: Avrupa Yakası'na seferler yapılmaktadır. Beşiktaş İskelesi: Hem yerel yolcular hem de turistik geziler için deniz otobüsü seferlerine ev sahipliği yapmaktadır. Bostancı İskelesi: Hem Anadolu Yakası'na hem de Adalar'a seferler sunmaktadır. Kocaeli'de ise İzmit, Gölcük, Değirmendere, Karamürsel, Derince, Tütünçiftlik, Yarımca ve Hereke iskelelerinden deniz ulaşımı sağlanmaktadır.