Kadıköy mahalleleri, idari düzenlemeler ve tarihsel gelişim süreçleriyle ayrılmıştır. Ana ayrımlar: 1. Tarihi Merkez Mahalleleri: Caferağa, Osmanağa, Rasimpaşa ve Yeldeğirmeni gibi mahalleler, Kadıköy'ün tarihsel çekirdeğini oluşturur. 2. Diğer Mahalleler: Acıbadem, Bostancı, Caddebostan, Erenköy, Fenerbahçe, Göztepe, Koşuyolu, Kozyatağı, Suadiye gibi mahalleler, daha sonra yerleşime açılmış ve gelişmiştir. Ayrıca, 1990'larda yapılan bir düzenlemeyle Kadıköy'ün kuzeyindeki bazı mahalleler (Küçükbakkalköy, İçerenköy vb.) ayrılarak Ataşehir ilçesini oluşturmuştur.