Hidroterapinin etki süresi, uygulamanın amacına ve hastanın durumuna bağlı olarak değişir. Genel olarak: Fizik tedavi amaçlı hidroterapi seansları, 20-30 dakika sürer ve düzenli seanslar halinde uygulanır. Kolon hidroterapi işlemi ise genellikle 45 dakika ile bir saat arasında sürer. Hidroterapinin tam etkilerini görmek için, uzman bir doktorla danışarak kişiselleştirilmiş bir tedavi planı oluşturmak önemlidir.