GAP (Güneydoğu Anadolu Projesi) sağlık hizmetleri, bölgedeki sağlık hizmetlerinin yaygınlaştırılması ve kalitesinin yükseltilmesi için çeşitli projeler yürütmektedir. Bu projeler arasında: İshalli Hastalıkların Kontrolü, Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlarının Kontrolü ve Ulusal Sıtma Kontrolü gibi hastalıklar üzerine çalışmalar. Anne Sütünün Teşviki / Bebek Dostu Hastaneler ve Fenilketonüri Taraması projeleri. Koruyucu ve birinci basamak sağlık hizmetlerinin güçlendirilmesi. Aile hekimliği uygulaması ve sağlık personelinin eğitimi. Ayrıca, GAP Bölge Kalkınma İdaresi, sağlık hizmetlerinde toplum katılımını ve sektörler arası işbirliğini artırmak için de çaba göstermektedir.