Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü, sağlık alanında kullanılan bilişim sistemleri ve iletişim teknolojileri ile ilgili olarak şu görevleri yerine getirir: Ülke çapında politika, strateji ve standartların belirlenmesi. Kişisel sağlık verileri ile ülke düzeyinde sağlık durumu ve sağlık hizmetlerine ilişkin veri ve bilgi akışını içeren bilgi sistemlerinin yapılması ve yaptırılması. Sağlık bilişimi ve teknolojisi alanında çalışacak kamu ve özel hukuk tüzel kişileri ile gerçek kişilerin uyacakları kuralların belirlenmesi ve uygulanması. Uluslararası kuruluşlarla işbirliği yapılması. Bakan tarafından verilen benzeri görevlerin yapılması. Genel Müdürlük, bu görevlerini İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı, Sistem Yönetimi Daire Başkanlığı, Siber Güvenlik Daire Başkanlığı gibi çeşitli daire başkanlıkları aracılığıyla yürütmektedir.