Prof. Dr. Ali Ayyıldız, şu anda herhangi bir hastanede resmi olarak görev yapmamaktadır. Kendisi, Londra'da United Medical Group & Partners Ltd. şirketinde tıbbi direktör olarak çalışmaktadır . Ayrıca, İstanbul'da Cinnah Caddesi No: 47/2 adresinde özel muayenehanesinde hasta kabul etmektedir .
Prof. Dr. Ali Ayyıldız, üroloji uzmanı olup, cinsel sağlık, ürogenital hastalıklar ve ESWT gibi alanlarda hizmet vermektedir .