Kök ucu ameliyatı (apikal rezeksiyon) genellikle ağrısız bir işlem olarak kabul edilir, çünkü işlem sırasında lokal anestezi uygulanır. Ameliyatın zorluğu, dişin konumu, kök yapısının karmaşıklığı ve enfeksiyonun yayılımı gibi faktörlere bağlı olarak değişebilir. Her cerrahi işlemde olduğu gibi, kök ucu ameliyatının da bazı riskleri vardır, bunlar arasında enfeksiyon, dişin kırılması, iyileşme sürecinde komplikasyonlar veya sinir hasarı sayılabilir. Bu nedenle, ameliyat öncesi ve sonrası dönemde diş hekiminin önerilerine uymak önemlidir.