Hipospadias ameliyatı genellikle zor bir işlem olarak kabul edilmez, ancak ameliyatın zorluğu hipospadiasın tipine ve cerrahın tecrübesine bağlı olarak değişebilir. Ameliyat süreci genellikle şu adımları içerir: Üretroplasti: İdrar kanalının yeterli uzunluğa getirilmesi. İdrar kanal açıklığının penis ucuna yerleştirilmesi. Penis şeklinin düzeltilmesi. Sünnet derisinin alınması. Ameliyat süresi genellikle 1,5 ila 3 saat arasında değişir. Başarı oranı %80-90 arasında olup, hafif formlarda daha yüksektir. Ameliyat sonrası dönemde enfeksiyon, kanama, idrar kanalında daralma veya fistül oluşumu gibi komplikasyonlar görülebilir. Hipospadias ameliyatı, bu konuda tecrübeli ve yeterli eğitim almış üroloji uzmanları tarafından yapılmalıdır.