Guatr ameliyatı, her cerrahi müdahalede olduğu gibi bazı riskler taşır. Bu riskler şunlardır: 1. Ses tellerine giden sinirlerin zarar görmesi: Ameliyat sırasında ses tellerinin yakınındaki sinirlerin zedelenmesi, geçici veya kalıcı ses kısıklığına yol açabilir. 2. Paratiroid bezinin zedelenmesi: Kalsiyumun düzenlenmesinden sorumlu olan bu bezin zarar görmesi, kanda kalsiyum düşüklüğüne ve buna bağlı olarak ciddi kasılmalara neden olabilir. 3. Ameliyat sonrası enfeksiyon: Cerrahi kesi nedeniyle enfeksiyon riski bulunur, ancak bu risk modern yöntemlerle oldukça azaltılmıştır. Risklerin en aza indirilmesi için ameliyatın deneyimli bir cerrah tarafından, steril koşullarda yapılması önemlidir.